Bohatý program čakal Svätého Otca na Malte aj v nedeľu 3. apríla. Začal sa stretnutím s jezuitmi, pokračoval návštevou pútnického miesta v Rabate. Vrcholil svätou omšou vo Floriane a končil sa v centre pre migrantov v Hal Fare. 

Na Námestí sýpok vo Floriane na Malte slávil pápež František svätú omšu. S formulárom 5. pôstnej nedele cyklu C. Homília Svätého Otca vychádzala z príbehu o cudzoložnici. 

V sobotu 2. apríla sa začala prvá zahraničná cesta pápeža Františka v tomto roku. Jeho 36. apoštolská cesta viedla na súostrovie Malta. Pre pandémiu sa už dvakrát odkladala.  

V sobotu 2. apríla okolo pol šiestej popoludní priplával pápež František katamaránom na ostrov Gozo. Nachádza sa tam najvýznamnejšia mariánska svätyňa Malty. Počas svojich apoštolských ciest tam zavítali aj pápeži Ján Pavol II. aj Benedikt XVI.

Katolícka cirkev má na Malte už takmer dvetisícročnú tradíciu. V posledných dekádach však počet aktívnych veriacich klesá. Miestni cirkevní predstavitelia veria, že tento trend môže zmeniť návšteva pápeža Františka.